prise en compte d'autres profiles institutionnels publiques

Pour pouvoir utiliser les autres profils institutionnels https://github.com/nf-core/configs/ , il faudrait faire quelques modifs dans metagwgs/nextflow.config

/*
 * -------------------------------------------------
 *  metagWGS Nextflow config file
 * -------------------------------------------------
 * Default config options for all environments.
 */

params {
    ...

    //profiles
    custom_config_version = (params.custom_config_version ?: 'master')
    custom_config_base = (params.custom_config_base
      ?: System.getenv('NXF_CUSTOM_CONFIG_BASE')
      ?: "https://raw.githubusercontent.com/nf-core/configs/${params.custom_config_version}"
    )
}

profiles {
    ...
}
// Load nf-core custom profiles from different Institutions
includeConfig !System.getenv('NXF_OFFLINE') && params.custom_config_base ? "${params.custom_config_base}/nfcore_custom.config" : "/dev/null"

Je suis en train de tester le workflow sur le cluster de l'ifb. 🤞
Normalement ça ne devrait pas modifier le foncitonnement avec les profiles que vous avez déjà défini ... à vérifier.