utiliser kraken/bracken ou centrifuge ou Clark ? pour l'affi taxo des longues lectures
Selon ce papier kaiju marche très mal pour les longues lecture. https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-024-05634-8#Sec2 tester kraken/bracken, Clark (http://clark.cs.ucr.edu/ ou centrifuge. Et voir comment ça marche aussi sur les courtes lectures. Utiliser des reads simulées.