Développement du package R « patternTree »

La méthode des « pattern tree » est une technique non linéaire de classification assez récente. Le résultat amène à un ensemble de décisions permettant la classification du jeu de données. Cette technique peut être vue comme un arbre de décision utilisant la logique floue et des operateurs logiques permettant la connexion entre les feuilles. La logique floue est une extension de la logique classique qui permet de modéliser l’incertitude du langage naturel (comme : le pH est assez fort). Cette incertitude est modélisée par la possibilité de valeurs intermédiaires.

Cette méthode a montré de bon résultats en Écologie, elle présente notamment de bon d’exactitude, est robuste au sur-apprentissage et gère la non linéarité des relations qui pourrait exister entre données d’entrées et de sortie.

Nous avons déjà appliqué cette méthode dans le cadre de deux projets, la caractérisation des traits écologiques par les paramètres abiotiques ainsi que la caractérisation des preferenda écologiques des espèces, tous deux concernant les diatomées de cours d’eau français.