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Problème de transfert du gène TraesCS1B02G020200 (CS1.1) vers TraesCS1B03G0040600 (CS2.1)

Le gène TraesCS1B03G0040600 est issu du transfert de TraesCS1B02G020200 avec les infos suivantes :

  • /mapping="GMAP_ON_TARGET"
  • /mismatches="0"
  • /unknowns="0"
  • /matches="2061"
  • /previous_id="TraesCS1B02G020200.1"
  • /identity="100.0"
  • /cds="CDS_OK"
  • /coverage="100.0"
  • /indels="0"

Il y a eu un GMAP on target avec id=100% indels=0 et ça indique CDS_OK. Pourtant la CDS n'est pas ok puisque la protéine démarre 3 acides aminés avant la M qui, pourtant, avait été bien annotée initialement (02G). Peut-être un bug de MAGATT qu'il faut corriger ?! Les séquences des 2 prot :

>TraesCS1B03G0040600.1

RSAMLRLWTSLMLLLLLGAAAAATAATTATTRGCQPSCGGVDIPYPFGIGAGCFRKGFEIECINGGPVLA

GTSLRVLKLSLDPDESQVMLPIGWECYNASDPIDTYNNWDYGETTMNNDGVYRISNTHNMLVVVGCNTLG

YALSKPTKGSNYKYAYQTGCMSFCNNSASAQDGLCDGVGCCHIDIPPGLTDNYFNFREYDHSAMMDYSPC

DYAFLVDRNNYTFQRSDLKMNTHRTMPVWLDWAIRVNDSISDDILSCKQAAKTGEDACAGTHSDCVNSTN

GPGYNCKCSKGYEGNAYVIDGCTNIDECADPAKYPCYGVCKDAQGWYGCECPAGYRSHDPRTEPCTQQFP

LAAQISIGATGGILVLAFLAFLFVLRKEKQKARDFYRRNGGLTLEKARTIKIYTRDNLKPILKSSNLIGK

GGFGEVYKGVVDGATVAVKKPNGRSVLEKEQFPNEVIILSQVSHKNIVRLLGCCLEVDNPMLVYEFISKG

SLEDNLHSADNEKILDLDVRLSILEESAQGLAYMHSQIHNKILHGDVKPANILLDENFSPKIADFGISRL

LAKGKYHTANIIGDMSYMDPVYLQSGRLTDKSDVYSFGVVILELISRKRATHSENNSLVRSFLECQQKGE

SVTELFDKEIATTGDLGFLNKLAEIALECLNLDADQRPSMTDVAGRLLMLHRSRNP

>TraesCS1B02G020200.1

MLRLWTSLMLLLLLGAAAAATAATTATTRGCQPSCGGVDIPYPFGIGAGCFRKGFEIECINGGPVLAGTS

LRVLKLSLDPDESQVMLPIGWECYNASDPIDTYNNWDYGETTMNNDGVYRISNTHNMLVVVGCNTLGYAL

SKPTKGSNYKYAYQTGCMSFCNNSASAQDGLCDGVGCCHIDIPPGLTDNYFNFREYDHSAMMDYSPCDYA

FLVDRNNYTFQRSDLKMNTHRTMPVWLDWAIRVNDSISDDILSCKQAAKTGEDACAGTHSDCVNSTNGPG

YNCKCSKGYEGNAYVIDGCTNIDECADPAKYPCYGVCKDAQGWYGCECPAGYRSHDPRTEPCTQQFPLAA

QISIGATGGILVLAFLAFLFVLRKEKQKARDFYRRNGGLTLEKARTIKIYTRDNLKPILKSSNLIGKGGF

GEVYKGVVDGATVAVKKPNGRSVLEKEQFPNEVIILSQVSHKNIVRLLGCCLEVDNPMLVYEFISKGSLE

DNLHSADNEKILDLDVRLSILEESAQGLAYMHSQIHNKILHGDVKPANILLDENFSPKIADFGISRLLAK

GKYHTANIIGDMSYMDPVYLQSGRLTDKSDVYSFGVVILELISRKRATHSENNSLVRSFLECQQKGESVT

ELFDKEIATTGDLGFLNKLAEIALECLNLDADQRPSMTDVAGRLLMLHRSRNP.