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Multiple is a program for de novo discovery of DNA motifs corresponding to Transcription Factor binding sites based on a probabilistic model of the DNA sequence that incorporates expression data as covariates.

STAC extensions schemas

It contains the simulator of the model DISTIGRI describe in the work https://link.springer.com/article/10.1007/s10530-023-03062-y

https://elisemaigne.pages.mia.inra.fr/slides/surapprentissage/

A RAG for administrative procedure and more at UMR G-EAU

L'application permet, à partir de données de mortalité en élevage de volailles rentrées par l'utilisateur, de calculer les dates les plus probables de la première infection par un virus influenza aviaire hautement pathogène. L'application est basée sur un modèle épidémiologique classique de type SEIR, et l'estimation de la date de la première infection utilise un algorithme d'Approximate Bayesian Computation.

Lien d'accès à l'application https://first-inf.sk8.inrae.fr

OLD - STOPPED - NOT UPDATED - See now siwaa-resources/rsiwaa

This project has been used to develop the rsiwaa package. Once ready and tested, it has been delivered to siwaa-resources/rsiwaa. Development stopped. See now current project siwaa-resources/rsiwaa.

The 'rsiwaa' R package provides an API to help using, in R language, a Siwaa tool or a Siwaa workflow. It allows to upload input files, run the tool or the workflow, survey the running progression, and finally download output files.

AWDV : Activity Wheel Data Visualizer un programme pour l'analyse des données ACTIVYWHEEL sur le long terme et la visualisation des rythmes d'activité.

{AWDV: Activity Wheel Data Visualizer - A Program for Long-Term ACTIVITYWHEEL Data Analysis and Activity Rhythm Visualization}## Nom du logiciel

ActivityWheelDataVisualizer AWDV

Ce programme vise a pour but le regroupement et la présentation des données d'activité des souris enregistrées par le logiciel ACTIVYWHEEL.

a running wheel (23 cm diameter, Intellibio, Seichamps, France).

Spécifité du logiciel présenté

analyse long terme sur plusieurs enregistrements et possibilité d'exclure des jours en fonction des urrégularités d'enregistrement (erreurs ou interventions) et ajout des rythmes d'activité.

Projet Difuse Activite 1: Caractérisation de la diversité des pratiques et des points de vue des acteurs manifestant leur volonté de s’engager dans le changement face aux urgences socio-écologiques au sein la Recherche Pour le Développement.

Code de l'ESP32 utilisé dans le cadre du projet détecteur de CO2 https://jouy.pepiniere.inrae.fr/#!/projects/detecteur-co2-pour-inciter-a-l-aeration-des-locaux

Stics configuration for Docker. Inspired by the Rocker Project.

pdf2blocs merges the result of pdftotext and pdftohtml commands (from poppler project). The pdf conversion was optimized to translate the Plant Health Alert Bulletin into html files. This project is part of the d2kab project.

The SeSAM R package allows fully automatic construction of two successive genetic maps: a first one including an optimized subset of markers ensuring the robustness of orders to a given statistical threshold, and a second one including almost all polymorphic markers. It can handle all common types of biparental mapping populations, including progenies obtained from crossing heterozygous parents. In addition to the automatic procedure, SeSAM includes many functions for interactive mapping, file formats conversions, and generates many graphs useful to assess the quality of data and maps.

orgDB containing annotation for Pisum sativum genome v1

Kreplak, J., Madoui, MA., Cápal, P. et al. A reference genome for pea provides insight into legume genome evolution. Nat Genet 51, 1411–1422 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0480-1